A Escola Diocesana São Francisco começou a funcionar no dia 21 de janeiro de 1918, fundada por Frei Ambrósio Philipsenburg. Inicialmente, funcionou no pavilhão térreo do Seminário dos Padres, atual Convento dos Franciscanos, e tinha por finalidade acolher meninos pobres de Santarém que não dispunham da escola para estudar.

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Com carisma e determinação, Frei Ambrósio dirigiu a escola durante 18 anos, durante os quais recebia um número crescente de alunos. Em 1930 eram em torno de 150 alunos, todos do sexo masculino, distribuídos em 4 salas. Recebiam aulas de música, de civismo e de religião, além disso, os uniformes e material escolar eram distribuídos gratuitamente.

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Por 40 anos a escola funcionou nas mesmas instalações, mas, em 1958, o então Bispo de Santarém Dom Thiago Ryan designou o vigário Frei Othmar para iniciar a construção de um prédio em um terreno próximo ao convento. Em 1968, o prédio ficou pronto e já oferecia escolaridade para cerca de mil alunos de ambos os sexos.

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Em 1º de março de 1969, foi firmado um convênio entre a Diocese de Santarém e a Secretaria Executiva do Estado de Educação do Pará, atravé do qual a Diocese passou a ser responsável pela indicação da equipe diretiva e pela formação religiosa dos alunos, enquanto que a SEDUC assumiu a responsalibildade de remuneração dos funcionários e do aspecto legal da escola.

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Quanto à comunidade educativa, esta ficou com a responsabilidade da manutenção e conservação do prédio da escola, que é cedido pela Diocese sob forma de regime dee comodato.

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